由于本田公司正确的产品定位以及广泛的推广策略，同时城市SUV在当时社会中的匮乏，使得CR-V在推出不久后就备受关注，并得到了为数众多拥趸的支持。这样的市场现状给予了本田人莫大的鼓舞与自信，于是在2002年，本田继续发力，推出了第二代CR-V。
借鉴并吸取了第一代CR-V车型的制造经验，第二代CR-V在第七代本田思域的平台上进行了全面的改进。外观方面，第二代CR-V的造型更偏重城市化设计风格，加装镀铬饰条的前进气格栅以及经过重新设计的前车大灯为新CR-V披上了时尚的外衣。
车身尺寸方面，第二代CR-V保持了与上代相同的2620mm轴距，但经过优化设计的车厢提供了更大的空间，灵活的座椅组合方式也保证了SUV所应拥有的多用途特质。在四驱系统上，第二代CR-V采用了升级版REAL TIME 4WD系统，拥有了更迅速的多片离合器接合速度，但在增强越野能力的同时，本田也推出了两驱版本，力将“城市化”进行到底。
动力方面，仍被本田作为换代产品的重中之重，第二代CR-V在保留2.0L发动机（最大功率上升至158马力）的同时，又增加了2.2升涡轮增压柴油发动机和2.4升汽油发动机的车型，其中2.4升发动机代号为K24A1，并具有i-VTEC可变气门正时/升程技术，最大功率160马力，峰值扭矩220牛米。变速箱方面，5速自动变速箱取代了之前的4速自动变速箱，在传动效率上得到提升。
从2002到2003年，第二代CR-V连续两年获得了年度最佳SUV称号，这样受欢迎的程度就连本田公司也始料不及，这让他们信心大增，决定继续开拓新市场，之后本田在中国成立东风本田合资公司，并对CR-V进行国产，也就是说当时在我国销售的CR-V国产车型其实是CR-V的第二代车型。
2005年，第二代CR-V进行了中期改款，外观变化上，新车采用了16英寸的铝合金轮毂，前车大灯以及后车尾灯均经过了全新设计。此外，2005款CR-V还使用了电子油门，而悬挂上，第二代CR-V的前悬挂由双叉臂悬挂改为了麦弗逊悬挂，成本在降低的同时也为驾驶员前部争取了更多的腿部空间。
2004年5月，东风本田正式在国内生产CR-V车型，当时CR-V已经在北美、亚洲、欧洲等世界各地超过160个国家和地区进行销售。到2005年3月底，东风本田CR-V销量总数已达15374辆，而全球销量CR-V已超过200万台。
